Comptabilité e-commerce : facturation, TVA, logiciels... suivez notre guide pour être en règle !

Comment gérer la comptabilité e-commerce ? Si vous souhaitez créer un site e-commerce ou avez déjà lancé votre boutique en ligne, c’est une question que vous allez vous poser.

Car oui, vous avez envie de bien faire les choses, et la comptabilité est un pan important de votre business. D’un point de vue juridique, il y a des obligations légales à respecter, comme l’ouverture d’un compte bancaire, l’émission de factures pour les clients, et la tenue d’une comptabilité pour certaines entreprises.

Découvrons ensemble quels sont les différents points à ne pas négliger pour bien gérer la comptabilité de son activité e-commerce.

C’est le point de départ pour vendre en ligne. Toutes les entreprises sont soumises à l’obligation d’ouvrir un compte bancaire pour leur activité. En effet, vous allez devoir réceptionner le paiement des commandes que vos clients passeront chez vous.

Maintenant, êtes-vous obligés d’ouvrir un compte bancaire professionnel ? Cela va dépendre du statut de votre entreprise :

• pour les sociétés à capital social, il est obligatoire ;
• pour les auto-entrepreneurs et les entreprises individuelles, un compte bancaire classique est suffisant tant qu’il est dédié à leur activité, distinct des comptes personnels.

Les factures constituent la base de votre comptabilité en e-commerce. La loi est très claire :

« Tout achat de produits ou toute prestation de service pour une activité professionnelle doivent faire l’objet d’une facturation. » Art. L441-3 du code de commerce.

Votre boutique en ligne n’échappe donc pas à la règle ! De plus, dans le e-commerce, la facture doit être éditée à l’expédition de la commande, et non pas au moment de la réception du paiement.

« Le vendeur est tenu de délivrer la facture dès la réalisation de la vente ou la prestation du service » — Art. L441-3 du code de commerce.

Elle devra comporter toutes les mentions obligatoires nécessaires.

Pour satisfaire cette obligation, vous pouvez :

• générer une facture électronique au moment de la commande, que vos clients recevront par e-mail au format PDF et/ou via leur espace client ;
• générer et imprimer la facture pour l’intégrer au colis au moment de l’envoi ;
• ou opter pour les 2, tant que les deux factures sont strictement identiques.

Si vous souhaitez automatiser l’émission des factures pour gagner du temps et éviter les erreurs humaines :

• regardez si votre plateforme e-commerce ou marketplace sur laquelle vous vendez permet de le gérer nativement ou grâce à des modules additionnels ;
• utilisez un logiciel de facturation qui s’interface avec votre plateforme e-commerce.

💡  Téléchargez régulièrement (toutes les semaines ou tous les mois) les factures clients afin de rassembler les justificatifs pour votre comptabilité, si votre solution ne le gère pas automatiquement.

Dans la vente en ligne, les clients ont 14 jours pour se rétracter, et ce quel qu’en soit le motif. Une situation à laquelle vous serez forcément confronté un jour ou l’autre.

Vous pouvez dans ce cas proposer un avoir à votre client, qu’il peut décider ou non d’accepter. Vous devrez alors générer une facture d’avoir, qui viendra en correction de la première facture qu’il a reçue.

💡  Là encore, vous pouvez automatiser l’émission d’une facture d’avoir sur votre logiciel de facturation ou via votre plateforme e-commerce si elle permet de le gérer directement.

La TVA ou taxe sur la valeur ajoutée est un impôt dont sont redevables toutes les entreprises, ou presque.

En effet, certaines d’entre elles sont soumises de plein droit à la franchise de TVA, tandis que d’autres peuvent y opter selon les conditions :

• avec le statut d’auto-entrepreneur, la franchise de TVA s’applique automatiquement ;
• les entreprises individuelles (EI, EIRL, …) peuvent opter pour le régime de la micro-entreprise et donc la franchise ;
• toutes les entreprises avec un chiffre d’affaires ne dépassant pas 85 800 euros de vente de marchandises peuvent également opter pour la franchise.

Dans ce cas, vous ne devrez donc pas la facturer à vos clients, et éditer une facture sans TVA en indiquant bien la mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI ».

Pour les entreprises qui sont redevables de la TVA, il faudra donc la répercuter sur le prix de vente afin de pouvoir la collecter pour la redistribuer à l’administration fiscale. Le taux varie en fonction du type de marchandise vendue.

Le taux général applicable en France est de 20 %, que vous vendiez en B2B ou en B2C. Des taux de TVA réduits à 10 %, 5,5 %, et même 2,1 % concernent certains types de produits, comme :

• les livres,
• les denrées alimentaires,
• la nourriture pour animaux,
• les médicaments,
• les œuvres d’art,
• les équipements pour personnes handicapées, etc.

Pour en savoir plus, consultez la liste complète des différents taux de TVA en vigueur en 2024.

💡  N’oubliez donc pas de paramétrer le bon taux de TVA pour chacun de vos produits dans votre solution e-commerce.

Le système de la TVA intracommunautaire, auparavant très complexe, s'est simplifié à partir du 1er juillet 2021.

Voici la règle : si vous vendez pour plus de 10 000 euros (HT) de marchandises dans un pays de l’UE, alors vous êtes redevable de la TVA selon les règles en vigueur dans le pays destinataire.

Pour vous acquitter de la somme due, rendez-vous sur le guichet unique de TVA (OSS).

Voici un exemple illustré pour vous y retrouver :

Une entreprise française commercialise des maillots de bain sur sa boutique en ligne, et doit collecter la TVA. Elle livre uniquement en France et en Espagne, où se situent ses clients. Sur l’année 2024, elle a fait 45 000 euros HT de chiffre d’affaires sur le territoire espagnol, et a dépassé le seuil des 10 000 euros le 1er juillet.

Elle devra donc :

• facturer, collecter et payer la TVA française à 20 % sur les 10 000 euros de chiffre en Espagne,
• facturer, collecter et payer la TVA espagnole à 21 % (au guichet unique) sur les 35 000 euros au-dessus du seuil.

Vous n’êtes pas sans savoir que depuis le 1er janvier 2021, la Grande-Bretagne ne fait plus partie de l’Union européenne. En conséquence, chaque vente avec votre e-commerce est désormais une exportation, qui vient avec son lot de formalités.

Il vous faudra obtenir un numéro EORI, et vous assurer de vous enregistrer auprès du HMRC pour déclarer et payer la TVA britannique.

Voici les formalités :

• si votre vente ne dépasse pas 135 livres : vous devez régler directement la TVA britannique ;
• si votre vente dépasse 135 livres : pas de TVA à régler, au même titre que les exportations en dehors de l’UE.

💡  Vérifiez que votre plateforme e-commerce prenne bien en compte cette spécificité britannique, ou si un plug-in, un module ou un logiciel peut le faire.

Vous pouvez, bien entendu, gérer vos factures et votre comptabilité avec un fichier Excel. C’est parfait quand on démarre son activité et que les ventes sont encore peu nombreuses. Mais dès que le rythme des commandes s’accélère (c’est tout le mal que l’on vous souhaite), réaliser ces tâches manuellement peut vite devenir chronophage.

Bon nombre de solutions e-commerce permettent de produire des factures et des avoirs, éventuellement de faire un export de vos ventes, mais ne permettent pas de faire l’enregistrement comptable des flux financiers de votre activité.

Il est donc plus que recommandé de vous tourner vers un logiciel de gestion commerciale intégrant un module de comptabilité comme Lundi Matin Business, ou un logiciel de comptabilité professionnel.

En plus de vous faire gagner du temps, ils vous permettent :

• d’automatiser les flux,
• d’éviter les ressaisies et les erreurs humaines,
• d’être en conformité avec la législation,
• de suivre vos dépenses pour maîtriser votre trésorerie et votre rentabilité.

Est-ce une obligation de faire appel à un expert comptable pour la comptabilité de son site e-commerce ? La réponse est non.

Souvent, par manque de trésorerie au lancement de l’entreprise, vous pouvez être hésitant sur le fait d’externaliser votre comptabilité. Cela se comprend, mais sachez que cela représente bien souvent un investissement rentable pour différentes raisons (conseils avisés d’optimisation des charges, gain de temps, éviter les amendes pour non-respect de la législation fiscale, etc.).

Nous vous conseillons donc, dès que vous aurez la trésorerie suffisante et un volume de ventes assez important, de faire appel à un expert comptable pour faire évoluer votre site e-commerce vers le niveau supérieur.