Quels sont les meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur ? [Comparatif 2025]

En quête du meilleur logiciel comptable pour votre microentreprise ?

Oubliez vos tableurs Excel et soyez prêt·e à utiliser un logiciel pour gérer sereinement votre comptabilité ! Vous pourrez consacrer le temps gagné à des activités à plus forte valeur ajoutée, comme le développement de votre business ou votre relation client.

Quel bonheur de savoir que des outils puissants, à prix mini et très simples à utiliser existent pour vous épargner toutes vos tâches fastidieuses de comptabilité et vous aider à respecter vos obligations comptables ! Mais lequel choisir quand on voit les nombreuses références existantes sur le marché ?

Découvrez sans plus attendre notre sélection 2025 des meilleurs logiciels comptables pour auto-entrepreneurs afin de comparer les fonctionnalités, les tarifs et les spécificités de chacun, et de faire un choix avisé !

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Nos critères de sélection

Pour élaborer ce comparatif de logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur, nous nous sommes appuyés sur différents critères, parmi lesquels :

• la notoriété du logiciel,
• les fonctionnalités indispensables à votre statut,
• la convivialité de l’interface,
• la promesse du logiciel,
• la question du tarif, adapté à des budgets modestes.

☝️ Notons ici que des logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur gratuits existent et peuvent être intéressants si votre chiffre d’affaires est peu élevé. MyAE, par exemple, est un logiciel de comptabilité auto-entreprise gratuit très connu et utilisé par de nombreux auto-entrepreneurs, mais dont l’interface est vieillissante. S’il peut être très intéressant au lancement de votre activité d’utiliser un tel outil, il pourrait devenir une contrainte lorsque vous vous développez.

Nous avons donc choisi de vous proposer des logiciels à la pointe, présentant un excellent rapport qualité/prix pour un service optimal adapté à vos besoins spécifiques et à prix attractif. Comparez dès maintenant avec notre sélection. 👉

Retrouvez dans ce tableau comparatif tous les logiciels abordés dans cet article. Tous les tarifs ont été mis à jour en avril 2025.

Abby

La promesse du logiciel

Abby est un logiciel de gestion complet développé spécifiquement pour les besoins des auto-entrepreneurs. Il intègre un module de comptabilité parfaitement adapté à leurs contraintes légales, et qui centralise l’ensemble de leurs dépenses et recettes au sein d’une interface unique. En parallèle, Abby propose d’autres fonctionnalités clés pour les indépendants, comme la facturation, les déclarations sociales ou encore le pilotage de l’activité.

Les avantages d’Abby

• une technologie d’intelligence artificielle qui automatise la catégorisation de vos transactions bancaires,
• un outil de gestion de trésorerie pour repérer simplement les postes de dépenses et de recettes fréquents, et ainsi prendre les meilleures décisions stratégiques,
• l’ajout automatique de vos factures à votre livre de recettes une fois qu’elles ont été réglées,
• l’export simplifié de vos données comptables aux formats Excel ou CSV,
• la protection des données contenues dans Abby, grâce au partenaire de l’éditeur, agréé par l’autorité administrative de la Banque de France,
• un logiciel très simple d’utilisation et intuitif, qui fait gagner un temps précieux aux auto-entrepreneurs sans nécessiter de compétences techniques particulières,
• une version gratuite incluant des fonctions de comptabilité de base.

Tarif

Il existe une version gratuite permettant d’effectuer une comptabilité conforme et de générer en illimité vos devis et factures.

Si vous souhaitez aller plus loin, Abby est disponible à partir de 5,4 €/mois.

Notre avis

Abby est parfait pour les auto-entrepreneurs qui en ont marre de passer des heures sur des tâches administratives. En automatisant de nombreux processus, il vous libère du temps, à consacrer pleinement à votre cœur de métier. L’éditeur a également compris que les indépendants veulent de la simplicité dans leurs outils… mais aussi un bon rapport qualité/prix ! Abby, par son accessibilité, répond en tout point à ces exigences.

⭐ ️ On aime : son côté tout-en-un. Inutile de multiplier les logiciels !

Abby

+200 avis

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Logiciel de facturation et de comptabilité complet

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Comptalib

La promesse du logiciel

Comptalib est une application web et mobile intelligente et ultra intuitive qui permet aux entrepreneurs de tous secteurs de gérer leur comptabilité sans aucune connaissance technique ou comptable préalable ; le tout, de manière centralisée et sur-mesure. Avec près de 3 000 micro-entreprises et freelances à son actif, la solution vous fait gagner en performance grâce à sa technologie d’intelligence artificielle qui automatise votre tenue comptable et simplifie la télédéclaration de votre TVA et liasse fiscale.

Les avantages de Comptalib

• une gestion de la facturation simplifiée et automatisée (génération automatique et personnalisée de devis, bons de commande, lien de paiement, mail…),
• une synchronisation avec votre compte bancaire parmi une liste de 300 banques affiliées pour une conciliation et centralisation parfaite de vos opérations et données bancaires,
• un système de télédéclaration de la TVA et de la liasse fiscale ou bilan comptable automatisée,
• un téléchargement automatique des notes de frais grâce à un système de reconnaissance visuelle de photos,
• des fonctionnalités de gestion de trésorerie complètes pour effectuer des prévisions fiables et profiter d’un suivi en temps réel,
• un tableau de bord intuitif, visuel et constamment actualisé qui regroupe tous vos principaux indicateurs comptables et financiers.

Tarif

Test gratuit de 14 jours sans engagement.

Une offre gratuite Création Entreprise est également possible avec un engagement de 12 mois (les droits d’enregistrement et les frais de greffe restent à votre charge).

Trois offres payantes et sans engagement allant de 59,40 € à 179,40 € sont aussi disponibles. 

Notre avis

Comptalib est un excellent logiciel de comptabilité et de facturation pour les petites structures. Il est très complet et entièrement personnalisable. De plus, sa prise en main est rapide, son utilisation est très fluide et ses tarifs sont très accessibles ; une aubaine pour les auto-entrepreneurs et micro-entreprises sans connaissances techniques et à petit budget.

⭐️ On aime : ses certifications RGPD et son équipe d’experts-comptables disponible 24 h/24.

Comptalib

3 avis

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Automatisez votre comptabilité en 3 clics

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Freebe

La promesse du logiciel

Freebe est un logiciel de gestion entièrement dédié aux freelances micro-entrepreneurs. Pragmatique, il propose de prendre en charge non seulement la compta, mais aussi toute la partie administrative de votre activité afin de vous libérer du temps pour vous concentrer sur votre cœur de métier. Un véritable assistant personnel intelligent !

Les avantages de Freebee

• l’édition automatique du registre des dépenses et recettes,
• la génération automatique de vos déclarations via la synchronisation avec l’URSSAF,
• la gestion du cycle de vie d’une mission jusqu’à l’ajout des factures en comptabilité,
• le suivi des paiements (statuts, échéances) et de la trésorerie en temps réel,
• un module d’édition de devis/factures intelligent, avec différents modes de facturation (forfaitaire, taux horaire, TJM, etc.),
• la synchronisation bancaire,
• des tableaux de bord de suivi pour superviser votre activité.

Tarif

Test gratuit de l’outil pendant 15 jours.

Tarification dégressive en fonction de la formule d’abonnement choisie :

• à l’année : 12,5 €/mois (soit 150 €/an),
• au trimestre : 40 €/trimestre (soit 160 €/an),
• au mois : 15 €/mois (soit 180 €/an).

Notre avis

Freebe est un logiciel taillé pour les jeunes freelances, au design bien pensé doublé d’une application mobile intuitive. Cette solution peut se révéler moins complète que d’autres sur le marché, mais ses outils simples et ses tarifs très attractifs en font une solution à considérer de près !

⭐ ️ On aime : son support client réactif et très accessible.

Freebe

19 avis

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Outil de gestion intelligent pour freelance

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Indy 

La promesse du logiciel

Indy est un logiciel comptable couplé à une application mobile complète, intuitive et très simple d’utilisation spécialement conçue pour les professionnels indépendants qui souhaitent optimiser leur gestion comptable sans se ruiner !

C’est simple : la solution vous promet une comptabilité en ligne, automatisée, sans saisie, sans calcul en seulement 10 minutes par mois ! Et ce, avec un accompagnement personnalisé par des spécialistes en création d’entreprise et une équipe de support technique ultra-réactive.

Les avantages d’Indy 

• la synchronisation avec votre banque pour une analyse et un classement automatique de vos transactions dans les bons comptes comptables,
• la télétransmission de votre déclaration fiscale à votre AGA ou CGA et aux impôts via une automatisation de bout-en-bout,
• la catégorisation intelligente de vos dépenses et recettes,
• l’ajout de justificatif (tickets de caisse, reçus…) numérisés en un clic,
• un accompagnement ultra-complet (conseils de spécialistes, service d'assistance technique, chat facebook, documentation, alertes…),
• un tableau de bord sur-mesure actualisé en temps réel pensé pour comparer vos dépenses et visualiser l’évolution mensuelle et annuelle de votre résultat,
• des données sécurisées, certifiées RGPD et sauvegardées automatiquement dans le cloud,
• l’automatisation des retraitements fiscaux comme l'Urssaf ou les frais de repas pour simplifier la tenue comptable et fiscale. 

Tarif

Vous pouvez tester la plateforme gratuitement pendant 15 jours d’essai en illimité.

La plateforme vous propose des fonctionnalités totalement gratuites : synchronisation bancaire et comptabilité automatisée, dashboard de pilotage, devis et facturation, gestion des justificatifs, compte pro, etc. Indy devient payant si vous souhaitez réaliser des déclarations (TVA, clôture fiscale, etc.) : 

• Micro-entreprise : 12,00 € HT/mois/utilisateurs illimités sans engagement,
• Entreprise Individuelle : 22,00 € HT/mois/utilisateurs illimités sans engagement,
• Entreprises à l'IS : 49,00 € HT/mois /utilisateurs illimités sans engagement,
• Entreprises SCI : 20 € HT/mois/utilisateurs illimités sans engagement.

☝️ À savoir : la formule Création d’entreprise est gratuite. Elle comprend une simulation personnalisée sur le choix de votre statut juridique, l’accompagnement et les conseils d’un expert en création (rémunération, aides à la création, etc.), la rédaction des statuts et les autres démarches jusqu’à l’immatriculation de votre société. Les seuls frais à prévoir sont les frais obligatoires dits de tiers (annonce légale et frais de greffe) qui sont de 246,86 €.

Notre avis

Indy est sans conteste un logiciel de référence pour les indépendants et auto-entrepreneurs qui souhaitent gérer leur comptabilité de manière simple, accessible et conforme. On aime tout particulièrement l’intuitivité et l’ergonomie de sa plateforme qui promet une utilisation fluide et agréable. On note également que la plateforme ne nécessite aucune mise à jour à payer ou à télécharger, vous bénéficiez de perfectionnements constants. 

⭐️ On aime : ses nombreux avis clients très satisfaits de la plateforme et du service de support. 

Indy

+200 avis

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Le logiciel n°1 de comptabilité pour les indépendants

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Macompta.fr

La promesse du logiciel

Macompta.fr est une plateforme de gestion complète spécialement conçue pour les indépendants et les petites structures, quel que soit le secteur d’activité. Elle comprend donc des fonctionnalités de comptabilité, mais pas que, puisque Macompta.fr peut aussi pendre en charge la facturation, les notes de frais ou encore la paie.

En fait, il s’agit d’un logiciel «à la carte » : vous construisez la solution qui convient à vos besoins ainsi qu’à votre budget en optant pour les modules de votre choix.

Les avantages de Macompta.fr

• une gestion comptable complète, jusqu’au bilan,
• le choix d’effectuer une comptabilité de trésorerie (recettes et dépenses) ou d’engagement (créances et dettes),
• des plans de comptes pré-paramétrés par activité et personnalisables, pour gagner du temps dans les opérations comptables,
• la connexion bancaire avec récupération quotidienne sécurisée de vos écritures bancaires et enregistrement comptable automatique,
• l’import du Fichier des Écritures Comptables (FEC) et des écritures de ventes, achats, paie, etc.,
• une interface intuitive, qui rend les utilisateurs rapidement opérationnels sur le logiciel, même sans formation comptable préalable,
• une plateforme sécurisée, 100 % conforme et toujours à jour avec les dernières règlementations fiscales.

Tarif

Le module Compta est disponible à 15,90 € HT/mois/20 utilisateurs.

Le module Compta + Immobilisations est disponible à 18,90 € HT/mois/20 utilisateurs.

Vous pouvez compléter votre offre avec d’autres modules si nécessaires.

Bénéficiez également d’un essai gratuit de 30 jours.

Notre avis

Ce qui distingue Macompta.fr de certains de ses concurrents, c’est l’étendue de sa couverture fonctionnelle. En effet, le logiciel couvre le processus comptable de A à Z, et ne s’arrête pas à la pré-comptabilité. De plus, vous pouvez aller plus loin en le complétant avec d’autres modules, comme celui dédié à la paie. Par ailleurs, Macompta.fr demeure très accessible, que ça soit en termes d’utilisation, de migration des données, mais aussi de tarifs puisque la solution bénéficie d’un excellent rapport qualité/prix.

⭐ ️ On aime : son support client réactif et inclus.

Macompta.fr

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Logiciel de comptabilité en ligne complet et accessible

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MicroDesk

La promesse du logiciel

MicroDesk se présente comme un logiciel de gestion complet conçu par des auto-entrepreneurs pour les auto-entrepreneurs, et ce qu’importe leur métier (artisans, freelances, etc.). 100 % française et tout-en-un, cette solution prend en charge de nombreuses facettes de leur activité, comme le devis et la facturation en illimité, ou encore les déclarations sociales. MicroDesk simplifie et accélère donc grandement le traitement de la comptabilité.

Les avantages de MicroDesk

• une solution facile à prendre en main et à utiliser au quotidien, même pour les profils peu familiers avec la technologie,
• la création en illimité de devis et de factures parfaitement conformes et à l’allure professionnelle,
• une connexion directe à votre compte URSSAF afin de déclarer automatiquement vos cotisations,
• des tableaux de bord pour suivre et piloter facilement, et en temps réel, vos activités,
• une application mobile Android, bien pratique pour gérer vos opérations quotidiennes, peu importe où vous vous trouvez,
• une formule avec un tarif unique à 18 € TTC/mois, incluant l’accès à toutes les fonctionnalités de l’outil,
• un support disponible par chat, email et téléphone, totalement gratuit.

Tarif

MicroDesk est disponible sans engagement, avec 14 jours gratuits, à un tarif unique et sans frais cachés, de 18 € TTC/mois (16,5 € TTC/mois pour la formule annuelle).

Notre avis

MicroDesk tient parfaitement sa promesse : offrir aux micro-entreprises une solution robuste, en accord avec l’ensemble de leurs besoins en comptabilité. Son gros point fort reste son accessibilité, que ce soit en matière d’utilisation ou de tarification, permettant ainsi à tous les auto-entrepreneurs de gagner du temps et en fiabilité sur leurs processus quotidiens. Mention spéciale pour le support de MicroDesk, toujours présent pour répondre aux questions des utilisateurs et les accompagner dans leurs projets.

⭐ ️ On aime : un logiciel développé par des auto-entrepreneurs qui connaissent parfaitement les problématiques de leurs utilisateurs, et qui prennent en compte leurs retours.

MicroDesk

4 avis

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Logiciel de gestion pour les micro-entreprises

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MonAE

La promesse du logiciel

MonAE (Mon-AutoEntreprise.fr) se présente comme un portail de services complet à destination des auto-entrepreneurs. Bien plus qu’une solution de comptabilité en ligne, elle est à la fois une plateforme de gestion, une mine d’informations autour de la microentreprise et un accompagnement administratif personnalisé par des experts compétents pour simplifier votre quotidien.

Les avantages de MonAE

• la tenue automatique du livre de recettes et du registre des achats,
• la synchronisation avec votre compte bancaire et le détail affiché de vos opérations,
• la création de devis et factures conformes et personnalisables,
• le suivi de l’activité avec vos clients grâce à un fichier client complet,
• un espace cloud sécurisé pour le stockage de vos documents professionnels,
• l’automatisation de vos déclarations (CA, TVA, CFE, etc.) pour éviter tout oubli,
• un module pour déléguer la gestion des relations avec les organismes officiels.

Tarif

Une version 100 % gratuite existe, avec des fonctionnalités limitées, pour moins de 10 clients/mois.

La formule Premium est à 3 €/mois et dégressif avec un abonnement trimestriel et annuel.

Notre avis

MonAE est un logiciel idéal pour les auto-entrepreneurs qui débutent et n’ont pas de notions en comptabilité. La solution est complète et remplit son contrat : faciliter votre quotidien grâce à des fonctionnalités d’automatisation de votre comptabilité et de vos déclarations. Pour découvrir ce logiciel, vous pouvez vous inscrire pour une démonstration en live de son utilisation.

⭐ ️ On aime : la possibilité de déléguer ses formalités administratives et de recevoir des conseils personnalisés par des spécialistes de la micro-entreprise.

NeedMe

La promesse du logiciel

NeedMe est un outil de gestion, de comptabilité et de devis/facturation en ligne spécialement conçu pour les micro-entrepreneurs. Sa proposition de valeur ? La simplicité de ses fonctionnalités, pensées pour vous dégager du temps : quelques clics pour créer un document, un coup d’œil pour suivre votre activité et l’accès rapide à toutes les informations clés pour gérer votre micro-entreprise.

Les avantages de NeedMe

• la génération du journal de recettes et du registre des achats, et l’export en un clic au format PDF,
• l’évaluation des montants de vos cotisations mensuelles et des rappels automatiques pour effectuer vos déclarations,
• l’envoi d’alertes en cas de dépassement du seuil de TVA, et l’explication de vos démarches pour l’obtention de votre numéro de TVA intracommunautaire,
• l’édition des factures, devis, et avoirs flexible, avec une fonction de glisser-déposer pour agencer les champs facilement,
• l’accès rapide à l’information de vos dossiers, clients, et documents commerciaux, tous liés et synchronisés entre eux,
• la visualisation en un coup d’œil de l’état de votre activité : missions effectuées, dossiers en cours, montants restants à encaisser, etc.
• l’assistance disponible par chat directement depuis la plateforme.

Tarif

Essai gratuit les 30 premiers jours.

Puis offre unique à 5 €/mois sans engagement.

Notre avis

NeedMe a tout pour plaire : complet, ergonomique, et au tarif très compétitif, il répond très bien aux besoins des auto-entrepreneurs. L’outil est évolutif, avec la prise en charge de la TVA si votre activité se développe et dépasse les seuils réglementaires. Un seul bémol relevé à ce jour, l’absence de synchronisation avec la banque pour gagner encore plus de temps.

⭐ ️ On aime : son design ultra travaillé et une interface claire qui facilite grandement la prise en main de l’outil.

NeedMe

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Gestion de micro-entreprise en toute simplicité

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Superindep.fr

La promesse du logiciel

Superindep.fr est un logiciel de facturation et de comptabilité en ligne qui vous sort de l’enfer administratif grâce à une solution d’accompagnement complète et 100 % personnalisable. Sa facilité d’utilisation et son interface intuitive vous permettent de gérer les aspects comptables et administratifs de votre activité en quelques clics. Une aubaine pour les auto-entrepreneurs qui peuvent se concentrer pleinement sur leur cœur de métier !

Les avantages de Superindep.fr

• un accompagnement humain, personnalisé et disponible par mail, téléphone ou chat afin de ne jamais vous laisser seul en cas de problème,
• l’automatisation de vos déclarations de chiffre d’affaires et de TVA ; le tout, accompagné du suivi de toutes vos démarches en ligne,
• la synchronisation de votre compte avec les administrations spécialisées telles que l’Urssaf et le Service des Impôts des Entreprises,
• des tableaux de bord et rapports disponibles 24/7 qui vous permettent de visualiser votre situation en temps réel.

Tarif

La formule Basique est à 19 € HT par mois et par utilisateur. Elle comprend l’ensemble des fonctionnalités de la plateforme. Satisfait ou remboursé.

La formule Sérénité à 39 € HT par mois ajoute la prise en charge de démarches et formalités, ainsi qu'un conseiller joignable sur rendez-vous.

La formule Zen, elle, proposée à 99 € HT par mois, permet l'accès direct à un expert-comptable, les attestations comptables et bien d'autres fonctionnalités.

Superindep propose également des nouvelles prestations uniques de démarrage d'entreprise (59 € HT) et passage à la TVA (99 € HT). 

Il n’existe pas d’essai gratuit. 

Notre avis

Superindep.fr est le logiciel idéal pour les autoentrepreneurs qui ne sont pas spécialement orientés comptabilité. Mais au-delà de sa prise en main ultra-rapide et de son support client efficace, le logiciel anticipe vos problèmes administratifs en analysant automatiquement vos informations afin de détecter de potentielles anomalies. 

⭐ On aime : ses certifications RGPD et l’hébergement de ses données en France. 

Superindep.fr

72 avis

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L'accompagnement comptable pour les auto-entrepreneurs

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Quel logiciel de compta pour auto-entrepreneur choisir ?

Maintenant que vous avez exploré les différentes possibilités, vous vous demandez désormais : comment choisir votre logiciel ? Finalement, le meilleur logiciel pour votre comptabilité auto-entrepreneur est précisément celui qui s’adaptera le mieux à votre situation, vos préférences et vos besoins spécifiques.

Pour vous aider à affiner votre choix, voici des critères à envisager, au-delà de ceux qui ont servi à élaborer notre sélection :

• L’outil est-il uniquement dédié aux micro-entreprises ou compatible avec d’autres statuts ? Les fonctionnalités peuvent être suffisantes dans un premier temps, mais s’avérer limitées si votre société évolue. Vérifiez également l’adaptation aux changements de seuils de TVA en cas d’augmentation de votre CA.
  
  
• Quel budget êtes-vous prêt·e à consacrer à votre logiciel ? Cela s’évalue en fonction du niveau de professionnalisation recherché, de la sécurité de vos données et de la conformité à vos obligations. Attention aux outils entièrement gratuits qui ne sont peut-être pas adaptés à votre activité et vous feraient perdre du temps si vous deviez en changer.
  
  
• Quelles sont les fonctionnalités indispensables au regard de votre activité ? Si certaines sont indispensables pour une tenue comptable facilitée et le respect de vos obligations comptables, d’autres ajoutent des avantages, comme la synchronisation bancaire, la gestion commerciale, la transmission directe de vos déclarations à l’URSSAF, la présence d’une application mobile, etc.
  
  
• Quel est le format du support client (assistance téléphonique, par email, chat, etc.), et la qualité de service offert selon le degré d’accompagnement souhaité ?

Encore indécis·e ? Si vous souhaitez explorer d’autres références, découvrez notre comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité du marché.

N’hésitez pas à tester gratuitement la solution qui emportera votre préférence grâce aux offres d’essai disponibles, l’option idéale pour vous aider à confirmer votre choix et à adopter votre futur outil !