Quel est le meilleur logiciel de comptabilité en ligne ? Découvrez nos 12 champions 2026
Le secteur du logiciel SaaS s’est grandement développé ces dernières années, en particulier celui des solutions de gestion comptable.
Et pour cause, opter pour un logiciel de comptabilité en ligne apporte son lot de bénéfices : accessibilité partout et à tout moment, maintenance et mises à jour opérées par l’éditeur, tarifs avantageux, rapidité de déploiement, scalabilité, sécurité, etc.
De plus, on compte une multitude de plateformes disponibles sur le marché : il en existe pour tous les besoins, toutes les configurations d’entreprises et tous les budgets.
Pour vous aider à faire votre petit marché, on vous a concocté un comparatif des 12 meilleurs outils comptables en ligne. Il ne vous reste plus qu’à trouver le vôtre !
Les 12 meilleurs logiciels de comptabilité en ligne en 2026
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Axonaut
Avec Axonaut, gérez votre comptabilité, et bien plus encore, puisqu’il s’agit d’un logiciel de pilotage d’entreprise complet. Par exemple, il prend aussi en charge le CRM, la trésorerie, les ressources humaines ou encore le marketing.
Côté compta, votre expert-comptable dispose d’un accès gratuit, vous permettant alors de collaborer efficacement dans un espace de travail centralisé, sécurisé et doté d’une interface simple d’utilisation.
🧑💼 Pour qui ?
Axonaut s’adresse aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Gestion des recettes et dépenses
- Rapprochement bancaire
- Saisie automatique
- Facturation
- Export comptable personnalisé
👍 Avantages
- Un logiciel à la fois très complet et facile à prendre en main.
- De nombreuses automatisation qui vous font gagner beaucoup de temps sur vos tâches administratives.
- Un tarif tout compris, attractif, ainsi qu’une offre sans engagement.
👎 Inconvénient
Pas adapté aux grandes entreprises nécessitant des solutions ultra-personnalisées.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 34,99 € HT/mois pour 3 ans.
Axonaut
CEGID Quadra Entreprise
Poursuivons ce comparatif avec CEGID Quadra Entreprise, un outil qui se montre bien plus qu’un simple logiciel de comptabilité en ligne, puisqu’il s’agit d’un véritable ERP modulaire.
Son ambition tient en une phrase : vous aider à gérer en toute simplicité toutes les opérations de votre entreprise. Il inclut alors des fonctions de comptabilité, mais aussi de gestion commerciale, de CRM et de pilotage des ressources humaines.
🧑💼 Pour qui ?
CEGID Quadra Entreprise s’adresse aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Automatisation de la saisie comptable
- Accès pour votre expert-comptable
- Comptabilité analytique
- Facturation
- Gestion budgétaire
👍 Avantages
- Une solution modulaire qui s’adapte à l’évolution de vos besoins et à vos spécificités métiers.
- Un logiciel tout-en-un servant à fluidifier et automatiser tous vos processus.
- Une infrastructure cloud garantissant en permanence la disponibilité et l’accessibilité de vos données.
👎 Inconvénient
Une interface parfois jugée moins intuitive que celle de certaines solutions plus récentes.
💶 Tarifs
De par son caractère modulaire, les tarifs de CEGID Quadra Entreprise sont disponibles sur demande.
EBP Comptabilité
EBP propose une suite complète d’outils pour piloter votre entreprise, notamment votre facturation, votre relation client ou votre paie. Aujourd’hui, on s’intéresse à EBP Comptabilité, la solution spécifiquement dédiée à la comptabilité des TPE et des PME.
Avec elle, vous traitez efficacement toutes vos tâches comptables quotidiennes. Vous disposez également de fonctionnalités pour mieux maîtriser votre trésorerie.
🧑💼 Pour qui ?
EBP Comptabilité s’adresse aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Saisie comptable et import des écritures de vente
- Rapprochement bancaire
- Tableau de bord
- Prévision de trésorerie
- États préparatoires des déclarations fiscales
👍 Avantages
- Une solution à la fois intuitive et flexible.
- Un éditeur qui jouit d’une expertise de plus de 39 ans.
- Une équipe de techniciens disponible pour vous accompagner au quotidien.
👎 Inconvénient
Des tarifs relativement élevés pour les toutes petites structures.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 31,50 € HT/mois pour l’offre EBP Comptabilité Hubbix.
EBP Comptabilité
Indy
L’application Indy se concentre principalement sur la comptabilité des indépendants, et ce quelque soit leur statut juridique : auto-entreprise, entreprise individuelle au régime micro ou au régime réel, SASU, SAS, SARL, etc.
Elle met donc un point d’honneur à rendre la gestion comptable à portée de tous ces professionnels, techniquement comme financièrement. Le but ? Les décharger de ces tâches administratives afin qu’ils se concentrent vraiment sur leur métier.
🧑💼 Pour qui ?
Indy s’adresse aux indépendants, qu’importe leur statut.
💻 Principales fonctionnalités
- Facturation
- Synchronisation bancaire
- Catégorisation intelligente des transactions
- Déclarations fiscales
- Gestion des notes de frais
👍 Avantages
- La mise à disposition d’une version 100 % gratuite pour exécuter vos opérations comptables de base (pilotage automatisé, facturation, etc.).
- Une application simple à utiliser et accessible sur tout support (PC, Mac, tablette, smartphone).
- Un accompagnement de qualité à la création d’entreprise et à l’utilisation du logiciel.
👎 Inconvénient
Des limites en termes de fonctionnalités pour les professionnels qui ont des besoins plus complexes en comptabilité.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 9 € HT/mois pour l’offre Plus.
Version gratuite.
Indy
iPaidThat
Vous êtes une TPE ou une PME à la recherche d’une solution comptable et financière complète ? Vous pouvez vous tourner vers iPaidThat.
En effet, outre le traitement de votre pré-comptabilité, elle prend en charge la gestion de trésorerie, des notes de frais, de la facturation ou encore le paiement.
🧑💼 Pour qui ?
iPaidThat s’adresse aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Automatisation de la saisie comptable
- Synchronisation et rapprochement bancaire
- Suivi et prévisionnel de trésorerie
- Gestion des notes de frais
- Facturation
👍 Avantages
- Un logiciel riche en fonctionnalités, qui optimise toute votre gestion financière de A à Z.
- De nombreuses APIs disponibles, pour mieux intégrer IPaidThat à votre environnement de travail.
- Un outil s’adressant aussi bien aux entreprises qu’à leur cabinet d’expertise-comptable.
👎 Inconvénient
Logiciel moins adapté pour les grosses structures, comme les PME de plus de 50 salariés.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 59 € HT/mois pour l’offre Essentiel.
iPaidThat
iTool
Précurseur en matière de logiciel de comptabilité en ligne, iTool propose une plateforme robuste et riche en fonctionnalités, permettant d’aller assez loin dans votre production comptable et dans le respect de vos obligations.
Il est possible de la compléter avec un outil de gestion commerciale afin de fluidifier vos processus et le pilotage global de vos activités.
🧑💼 Pour qui ?
iTool s’adresse aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Automatisation de la saisie comptable
- Gestion des comptes
- Balances comptables
- Journaux et Grand-Livre
- Tableau de bord
👍 Avantages
- Un logiciel complet pour gérer l’ensemble de votre comptabilité.
- Une interface ergonomique et facile à appréhender, même pour les plus néophytes.
- Une solution capable de s’aligner à 100 % sur vos besoins grâce à des développements spécifiques.
👎 Inconvénient
Manque d’intégrations comparativement à d’autres outils du marché.
💶 Tarifs
Tarifs disponibles sur demande.
Itool Comptabilité
MaCompta.fr
Si vous recherchez un logiciel comptable en ligne simple d’utilisation et abordable niveau prix, pourquoi ne pas essayer Macompta.fr ?
Il comprend toutes les fonctions essentielles à la réalisation d’une comptabilité de base, et facilite de ce fait le travail de votre expert-comptable. Macompta.fr intègre en outre des modules de gestion, tels que la facturation et la paie.
🧑💼 Pour qui ?
MaCompta.fr s’adresse aux autoentrepreneurs, aux TPE et aux petites PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Saisie comptable
- Connexion bancaire avec enregistrement comptable automatique
- Édition du bilan et du compte de résultat
- Facturation
- Gestion des notes de frais
👍 Avantages
- Un logiciel très simple d’utilisation et rapide à prendre en main.
- Des tarifs attractifs, convenant même aux organisations les plus modestes.
- Des données sécurisées et hébergées en France.
👎 Inconvénient
Pas de module de gestion des stocks, contrairement à certains concurrents.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 6,67 € HT/mois pour l’offre Simplifiée.
Macompta.fr
Pennylane
Pennylane a été conçu pour accroître la productivité des TPE/PME et fluidifier la communication avec leur expert-comptable.
Mais ce logiciel de comptabilité en ligne va encore plus loin que ça, en adressant tous les besoins de ces entreprises en termes de gestion financière : facturation, achats, trésorerie et comptes pros. Avec Pennylane, plus besoin de multiplier les outils !
🧑💼 Pour qui ?
Pennylane s’adresse aux indépendants, aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Automatisation de la récupération des justificatifs et de la saisie comptable
- Connexion et rapprochement bancaire
- Reportings
- Accès pour votre expert-comptable
- Gestion des notes de frais, de la facturation et de la trésorerie
👍 Avantages
- Un logiciel tout-en-un qui satisfait l’ensemble de vos exigences en matière de gestion financière.
- De nombreuses intégrations avec vos outils métiers (CRM, ERP, factures fournisseurs, gestion de stock, etc.).
- Une communication simplifiée avec vos équipes et votre expert-comptable.
👎 Inconvénient
Quelques utilisateurs signalent des lenteurs du côté du service client.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 14 € HT/mois pour l’offre Basique, pour un indépendant.
Pennylane
Sage 50 Comptabilité
On ne présente plus Sage, le célèbre éditeur de logiciels qui équipe les entreprises depuis plus de 30 ans maintenant.
Focalisons-nous aujourd’hui sur Sage 50 Comptabilité, l’outil dédié à l’automatisation des tâches comptables des petites structures.
🧑💼 Pour qui ?
Sage 50 Comptabilité s’adresse aux TPE.
💻 Principales fonctionnalités
- Saisie guidée des écritures comptables
- Connexion bancaire
- Bilan et compte de résultats préparatoires
- Accès pour votre expert-comptable
- Trésorerie prévisionnelle
👍 Avantages
- Une expertise de plus de 30 ans en matière de logiciels de comptabilité.
- Des mises à jour légales régulières afin de rester en conformité.
- Une solution configurable pour mieux vous correspondre.
👎 Inconvénient
Une esthétique et une interface jugées parfois un peu datées.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 19 € HT/mois pour l’offre Comptabilité.
Sage 50 Comptabilité
Sinao
Très simple d’utilisation et convivial, Sinao est parfait pour les petites organisations souhaitant effectuer une gestion comptable complète sans expérience particulière en comptabilité.
Vous profitez ici d’un outil à la fois global et robuste, puisqu’il traite également d’autres aspects de la gestion d’entreprise : facturation et devis, gestion des clients et des fournisseurs, catalogue et stocks, etc.
🧑💼 Pour qui ?
Sinao s’adresse aux microentrepreneurs, aux professions libérales, aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Synchronisation et rapprochement bancaire
- Export comptable FEC
- Accès pour votre expert-comptable
- Facturation et dépenses
- Tableaux de bord
👍 Avantages
- La mise à disposition d’une version gratuite pour commencer à vous familiariser avec ce type de technologie.
- Un centre de documentation et un support par chat disponibles 7 j/7.
- Une interface intuitive et facile à prendre en main.
👎 Inconvénient
Quelques bugs signalés.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 11,40 € HT/mois pour l’offre Start, pour les indépendants et les autoentrepreneurs.
Version gratuite.
Sinao Comptabilité & Gestion
Tiime
Tiime est une solution qui simplifie la gestion de la comptabilité des indépendants et créateurs d’entreprise, sans jargon ni tableur. Pensé pour les entrepreneurs et leurs experts-comptables, ce logiciel automatise la saisie, le suivi bancaire, le traitement des factures et même la préparation des déclarations.
Tout est centralisé au sein d’une interface moderne, fluide et 100 % en ligne. Par ailleurs, l’éditeur met l’accent sur la conformité, la collaboration avec l’expert-comptable ainsi que la réforme de la facturation électronique à venir.
🧑💼 Pour qui ?
Tiime s’adresse aux entrepreneurs individuels, freelances, dirigeants de TPE, sociétés (SASU, SARL, etc.), accompagnés ou non d’un expert-comptable.
💻 Principales fonctionnalités
- Synchronisation bancaire automatique
- Saisie et catégorisation des transactions
- Édition de factures conformes (Factur-X, mentions obligatoires, etc.)
- Tableaux de bord comptables et financiers
- Export des écritures en temps réel pour l’expert-comptable
👍 Avantages
- Une version 100 % gratuite pour la facturation et le suivi des paiements.
- Une interface fluide, claire et sans surcharge fonctionnelle.
- Une passerelle optimisée pour travailler à deux avec votre cabinet comptable.
👎 Inconvénient
Pas adapté aux besoins comptables avancés.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 17,99 € HT/mois pour l’offre Start.
Version gratuite.
Tiime
Zefyr
Depuis 22 ans, le logiciel Zefyr permet aux professions libérales, aux TPE ainsi qu’aux PME de produire simplement leur comptabilité, même si elles n’ont pas d’expertise en la matière.
Son objectif ? Automatiser au maximum les opérations, pour vous faire gagner du temps et éviter les erreurs.
🧑💼 Pour qui ?
Zefyr s’adresse aux professions libérales, aux TPE et aux PME.
💻 Principales fonctionnalités
- Automatisation de la saisie comptable
- Synchronisation et rapprochement bancaire
- Bilan et compte de résultat
- Facturation
- Paie
👍 Avantages
- Une plateforme très simple à utiliser et accessible même pour celles et ceux qui ne maîtrisent pas la comptabilité.
- Des tarifs flexibles évoluant selon votre chiffre d’affaires.
- Un support qui vous épaule en temps réel.
👎 Inconvénient
Une ergonomie paraissant vieillissante.
💶 Tarifs
Disponible à partir de 14 € HT/mois pour un chiffre d’affaires entre 0 et 12 k €.
ZEFYR
Tableau comparatif des 12 meilleurs logiciels de comptabilité en ligne
| 🛠️ Logiciel | 🧑💼 Pour qui ? | 👍 Principaux avantages | 💶 Tarifs |
| Axonaut | TPE et PME |
|
À partir de 34,99 € HT/mois pour 3 ans |
| CEGID Quadra Entreprise | TPE et PME |
|
Tarifs disponibles sur demande |
| EBP Comptabilité | TPE et PME |
|
À partir de 31,50 € HT/mois pour l’offre EBP Comptabilité Hubbix |
| Indy | Indépendants |
|
À partir de 9 € HT/mois pour l’offre Plus |
| iPaidThat | TPE et PME |
|
À partir de 59 € HT/mois pour l’offre Essentiel |
| iTool | TPE et PME |
|
Tarifs disponibles sur demande |
| MaCompta.fr | Autoentrepreneurs, TPE et petites PME |
|
À partir de 6,67 € HT/mois pour l’offre Simplifiée |
| Pennylane | Indépendants, TPE et PME |
|
À partir de 14 € HT/mois pour l’offre Basique, pour un indépendant |
| Sage 50 Comptabilité | TPE |
|
À partir de 19 € HT/mois pour l’offre Comptabilité |
| Sinao | Autoentrepreneurs, professions libérales, TPE et PME |
|
À partir de 11,40 € HT/mois pour l’offre Start, pour les indépendants et les autoentrepreneurs |
| Tiime | Entrepreneurs, indépendants et créateurs d’entreprise |
|
À partir de 17,99 € HT/mois pour l’offre Start |
| Zefyr | Professions libérales, TPE et PME |
|
À partir de 14 € HT/mois pour un chiffre d’affaires entre 0 et 12 k € |
Quelles sont les fonctionnalités attendues d’un bon logiciel de comptabilité en ligne ?
À ce niveau, tous les logiciels de comptabilité ne se ressemblent pas.
Des logiciels de pré-comptabilité…
En effet, certains se rapprochent davantage d’outils de pré-comptabilité.
À destination des petites structures de type TPE, ils se connectent aux solutions de production comptable pour faciliter le travail de l’expert-comptable. En parallèle, ils offrent aux entreprises de la visibilité sur leurs finances.
Ils comprennent souvent les fonctionnalités suivantes :
- la saisie des dépenses et des revenus ;
- la facturation ;
- la connexion bancaire ;
- la génération de rapports de base ;
- la gestion de la TVA ;
- un accès pour l’expert-comptable, etc.
… aux solutions de comptabilité
Mais les organisations qui se sentent plus à l’aise et autonomes (on pense en particulier aux PME) pourront se tourner vers une plateforme plus complète et pointue, qui inclura :
- la gestion des comptes généraux et auxiliaires ;
- le lettrage des comptes auxiliaires ;
- la connexion et le rapprochement bancaire ;
- l’import et l’export des écritures comptables ;
- l’édition des états comptables (bilan, compte de résultat, Grand Livre, etc.) ;
- les déclarations fiscales ;
- la comptabilité analytique ;
- la production de rapports financiers plus détaillés, etc.
Par ailleurs, la plupart de ces logiciels vont au-delà de la seule comptabilité, par l’ajout de modules de gestion :
- des factures et des devis ;
- des notes de frais ;
- de la trésorerie ;
- des achats et des fournisseurs ;
- de la paie ;
- des stocks.
👉 Ceci étant dit, précisons que ce comparatif présente un panel d’outils réunissant toutes ces fonctionnalités. Certains se concentrent sur quelques-unes d’entre elles, tandis que d’autres se révèlent plus complets. Ainsi, toutes les tailles d’entreprises et toutes les bourses trouveront leur bonheur 😉.
Comment choisir votre logiciel de comptabilité en ligne ?
Vous l’aurez compris, lister les fonctionnalités qui vous sont nécessaires est votre priorité. Souvent, elles sont relatives à la taille de votre entreprise. Ainsi, pour vous faciliter la tâche, nous avons précisé si les logiciels cités ci-dessus s’adressent plutôt à des microentrepreneurs, des TPE ou des PME.
☝️ Certaines plateformes correspondent toutefois à plusieurs cibles. Il faut donc étudier les différentes formules proposées et déterminer celle qui vous convient le mieux.
En parallèle, on vous invite à considérer les critères suivants :
- Le coût. Il s’agit d’un facteur clé. À vous de comparer toutes les offres, de comprendre ce qu’elles incluent… et ce qu’elles n’incluent pas. Votre objectif : opter pour celle qui vous apportera le meilleur retour sur investissement.
☝️ Pour rappel, il existe des logiciels de comptabilité gratuits, mais ils restent cependant très limités niveau fonctionnalités. Ils constituent néanmoins une bonne porte d’entrée vers ce type de technologie. - La convivialité. Votre solution doit être facile à utiliser et à comprendre. Dans le cas contraire, vous risquez de voir vos équipes la bouder et ne pas en tirer pleinement profit.
- Les intégrations. La fluidité de vos processus implique que votre logiciel s’intègre parfaitement à votre écosystème, en s’interfaçant avec vos autres outils comme votre ERP, votre solution de gestion de trésorerie, de paiement fournisseur, etc.
- Le support client. Il est important de pouvoir compter sur un support client réactif en cas de problème. Il vous apprendra également à vous faire la main sur l’outil et à l’exploiter correctement.
- La sécurité. Comme votre plateforme contiendra des informations financières sensibles, mieux vaut qu’elle garantisse un haut niveau de sécurité. Ceci implique notamment le cryptage des données, l’authentification à deux facteurs, et idéalement un hébergement des informations dans des data centers européens.
- La scalabilité. Votre application doit être capable de grandir avec vous et de s’adapter aux changements qui impacteront à un moment ou à un autre votre entreprise.
💡 Si vous souhaitez vous documenter davantage, découvrez nos autres comparatifs :
- Les meilleurs logiciels de comptabilité pour autoentrepreneur
- Les meilleurs logiciels de comptabilité pour TPE
- Les meilleurs logiciels de comptabilité pour PME
- Les meilleurs logiciels de comptabilité pour associations
- Les meilleurs logiciels de comptabilité gratuits
En bref, quel logiciel pour faire sa comptabilité en ligne ?
La réponse est simple : ça dépend.
Vous aurez compris qu’il n’existe pas de number one, de champion toute catégorie, puisque le meilleur logiciel de comptabilité en ligne dépend de vos besoins. C’est pourquoi on vous recommande d’étudier en profondeur les couvertures fonctionnelles à la lumière de vos spécificités, et de considérer les divers critères édictés ci-dessus (facilité d’utilisation, intégrations, support, etc.). Seulement de cette façon vous dénicherez votre poids lourd.
En parallèle, on vous conseille de tester les solutions. En effet, la plupart des éditeurs proposent des périodes d’essai gratuit. Une bonne manière d’étudier la plateforme en situation réelle avant d’arrêter votre choix.
